TAXONOMIE ET CLASSIFICATION DES BACTERIES
Chaque fois que l’homme attribue un nom à des objets, il fait un classement. La taxonomie est l’ensemble des principes et théories qui permettent de classer et de valider le classement des organismes.
Les microorganismes sont classés en taxons, ou groupes, sur la base de leurs relationsphénétiques et/ou phylogénétiques. La classification des bactéries est maintenant établie de manière phylogénétique. Les méthodes moléculaires utilisées permettent de connaître les relations entre les bactéries.
Chaque fois que l’homme attribue un nom à des objets, il fait un classement. La taxonomie est l’ensemble des principes et théories qui permettent de classer et de valider le classement des organismes.
Les microorganismes sont classés en taxons, ou groupes, sur la base de leurs relationsphénétiques et/ou phylogénétiques. La classification des bactéries est maintenant établie de manière phylogénétique. Les méthodes moléculaires utilisées permettent de connaître les relations entre les bactéries.
Les bactéries peuvent être divisées en 12 groupes qui ont été définis à partir de l’analyse de l’ARN ribosomal 16S et 23S.
L’espèce est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les organismes qui possèdent de nombreux caractères communs. Cependant à l’intérieur d’une même espèce, il est possible de distinguer des souches et des clones.
Une souche est la sous-division d’une espèce.
Un clone est une population descendant d’une même souche.
Les noms attribués aux bactéries n’ont pas de sens taxonomique. Ils donnent cependant un nom à une souche bactérienne isolée d’un produit pathologique sans aucune ambiguïté.
La classification bactérienne n’est pas forcément bien adaptée à la pathologie. En bactériologie médicale, on peut classer les bactéries selon une classification clinique : les bactéries sont la cause de grands syndromes (méningites, endocardites…) ou selon une classification pathogénique : maladies dues à une même bactérie (staphylocoques, mycobactéries…) ou un même mécanisme pathogénique (toxi-infections…).
Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :
L’espèce est l’unité fondamentale de la classification. Elle regroupe les organismes qui possèdent de nombreux caractères communs. Cependant à l’intérieur d’une même espèce, il est possible de distinguer des souches et des clones.
Une souche est la sous-division d’une espèce.
Un clone est une population descendant d’une même souche.
Les noms attribués aux bactéries n’ont pas de sens taxonomique. Ils donnent cependant un nom à une souche bactérienne isolée d’un produit pathologique sans aucune ambiguïté.
La classification bactérienne n’est pas forcément bien adaptée à la pathologie. En bactériologie médicale, on peut classer les bactéries selon une classification clinique : les bactéries sont la cause de grands syndromes (méningites, endocardites…) ou selon une classification pathogénique : maladies dues à une même bactérie (staphylocoques, mycobactéries…) ou un même mécanisme pathogénique (toxi-infections…).
Les bactéries peuvent être classées selon leurs caractères :
- biochimiques (classification en biotypes ou biovars)
- antigéniques (classification en sérotypes ou sérovars)
- pathogéniques (classification en pathotypes ou pathovars)
- enzymatiques (classification en zymotypes ou zymovars)
- de sensibilité aux antibiotiques (classification en antibiotypes)
- de sensibilité aux bactériophages (classification en lysotypes ou lysovars)
- moléculaires : identification de l’ADN par ribotypie, hybridation ADN-ADN, hybridation ADN-ARN,séquençage de l’ARN ribosomique, etc
- la coloration de Gram
- la morphologie
- la mobilité
- la capacité à sporuler
- la température de croissance
- les besoins nutritionnels
- le mode respiratoire
- la capacité de photosynthèse
- l’utilisation des différentes sources de carbone ou d’azote
- le G+C% du génome.
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